Na Embrapa Meio Ambiente (Jaguariúna, SP), o Projeto "Manejo e Gestão Ambiental da Aquicultura", desenvolvido no âmbito do Projeto BRS Aqua (Ações estruturantes para o fortalecimento da pesquisa, do desenvolvimento e da inovação em aquicultura na Embrapa), financiado pelo BNDES e EMBRAPA, além do CNPq, vem a ser um dos maiores projetos sobre aquicultura em andamento no Brasil.

Dentro do projeto Manejo e Gestão Ambiental, o Plano de Ação "Protocolo de Biomonitoramento em reservatórios com atividade de aquicultura baseado em macroinvertebrados aquáticos" busca monitorar a qualidade da água e do sedimento dos reservatórios em áreas de produção de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) em tanques rede. O monitoramento emprega a comunidade de macroinvertebrados bentônicos como bioindicadora. O uso desses organismos é vantajoso porque eles apresentam uma variedade de espécies com diferentes graus de sensibilidade a impactos na qualidade da água e do sedimento, além de apresentarem pouca mobilidade, servindo assim como um bom testemunho das condições ambientais locais. Além disso, sua coleta emprega materiais e equipamentos de baixo custo.

Sabe-se que parte da ração de peixes não é consumida. Além disso, excretas das tilápias podem se acumular no sedimento. Em caso de eutrofização provocada por excesso de matéria orgânica (ração não consumida, excretas de peixes, esgoto doméstico não tratado), os organismos bentônicos podem ter sua estrutura de comunidade alterada. Com base nessa alteração, podemos diagnosticar mudanças na qualidade da água e também prever ou evitar mortandade de peixes.